駅名の由来は、大善寺の「京の六地蔵めぐり」からつけられたもの。長らく京阪単独の駅であったが、JR奈良線にも新駅として「六地蔵」駅が開業、さらに京都市営地下鉄東西線の起点駅「六地蔵」駅が開業し、交通の要所と化している。山科川堤防の盛土上に位置する2面2線の中間駅構造。