島式2面3線構造。外側2線は本線用、内側1線は網干線用で、後者は神戸方が行き止まりとなっている。駅の西側に飾磨車庫があり、一部列車で区間運用も存在する。

 

駅の南西側に駅ビルがあるが、改札はそれを東側に通り抜けて、ホーム中央付近に駅構内を背に向けて南側に設置。改札口から駅構内へは跨線橋で結ばれている。かつては駅ビル内に改札があり、駅構内へは構内踏切で結ばれていた他、駅東側にも改札があった（旧　西改札の中央移転により、東側改札は閉鎖）。さらに遡れば、現　網干線発着線は2線（つまり、内側2線が行き止まり式の、島式2面4線）あり、1線は網干方面、1線は網干から来た列車が折り返し姫路方面に向かう為に使用されていた。平成3年ダイヤ改正により網干線の姫路直通が廃止された事から1線撤去（その当時は1線撤去したのみで、姫路方面ホームは1線分埋めた事で無駄に広いホームとなっていた）。改札移転→構内踏切廃止などの改良時に、網干線発着線が現在のように中央寄りに移設している。

 

又、現在の駅構造になる以前は姫路方面ホームは東西の踏切に挟まれて4連分のホームしか無く、6連特急は後ろ2両をドアカットにて客扱いしていたが、後ろ2両が東側踏切に差し掛かる為、開かずの踏切に悩まされていた。（前述の駅改良により構内踏切廃止→6連対応化）

 

網干線から本線へは、双方向から同一ホームへの乗り換えが可能。一方、直通に関しては神戸方面から網干方面への直通は容易だが、その逆は神戸方面ホームへの直通が不可能な為、姫路方面ホームを一旦逆進入してから駅東側で神戸方面へ渡る必要があり、現状の神戸方面と網干線の直通は困難と言える。