2面2線の中間駅構造。神戸方面ホーム西側に駅入口があり、姫路方面ホームとは構内踏切で結ばれる。駅舎は三角屋根の付いたモダンな外観で、店舗併設となっている。

 

JRと共に、「曽根天満宮」にちなんだ「曽根駅」がそれぞれ存在するが、山陽電車の曽根駅の方が、曽根天満宮や、曽根町の中心地に近い（JR曽根駅は曽根町の外れ、阿弥陀町に位置する。駅周辺はのどかな地域）。しかしながら、乗降客は速くて便利なJRを利用する傾向にあり、山陽側は苦戦している状態である。