地下駅。1面2線の中間駅構造ながら、梅田寄りにシーサスクロッシングがあり、折り返しに対応。改札は西側、東側にそれぞれ存在し、それぞれがJR元町駅の改札と通路で連絡している。

　

元は三宮〜湊川への延伸計画にて、ライバルの阪急よりも先行開業させる目的で同駅まで延伸。その後、不況により湊川延伸は半ば断念させられる状態で、昭和43年の神戸高速線開業までは阪神の神戸側終着駅となっていた。ただ、頭端式ホームで終着駅として作られた三宮駅とは違い、将来の延伸の為に当初から現在のような中間駅構造として作られている。

　

途中駅となってからも長らく、阪神普通車が当駅で折り返していた。主に2番線（姫路方面ホーム）にて梅田行き普通の客扱いをし、そのまま発車。少ない発着線にて少ない折り返し時間での折り返しは阪神電車での得意技でもあったが、後にラッシュ時にて折り返しの余裕が無くなった事からその時間は高速神戸にて折り返し、そして直通特急運転開始により従来の12分間隔から10分間隔に変更した事で大半が高速神戸までの運行となり、当駅での折り返しは一部に残るのみとなっている。尚、一時期は特急や急行の最終列車にて当駅までの便が存在していた。

　

「阪神電車」としては長らく当駅が最西端の駅であったが、平成22年に神戸高速鉄道の駅管理を行うようになってからは、最西端駅は西代駅（山陽電車の管轄）に譲る事となった。同時に、昭和43年以降は「神戸高速鉄道」との共同駅（但し、管轄は阪神単独）だったが、再び純粋な阪神単独駅となっている。

　

元町は大丸百貨店、南京町などの繁華街、元町高架下商店街（JR神戸駅まで続く、JR高架下の商店街）、メリケンパークなどがあり、利用客は多い。12月の神戸ルミナリエのシーズンには最寄り駅となる事から、駅はかなり混雑している。