4面4線の行き止まり構造。山陽電鉄本線の西のターミナル駅としての風格を持つ。1-2番線を普通電車が、3-4番線を特急電車がそれぞれ発車する。一時期、逆の時期もあった。

 

現在の山陽百貨店に飲み込まれる形の高架駅が完成したのは昭和29年。当初は1階にメインの改札口があり、長い階段orエスカレーターにて2階のホームへと結ばれていた。同時に、山陽百貨店2階からホーム階へと繋がる改札口（但し、改札のみで切符の販売は無し）も存在し、百貨店利用者の利便性も考慮していた。平成になり改札を2階へ移転。現在の形となる。かつての1階改札はそのまま山陽百貨店入口前の広場として機能しており、2階のりばへの長い階段も改札外の通路としてそのまま使用されている。

 

駅の手柄方は、以前は高架に上がった状態で山陽新幹線高架をくぐり、そのまま山陽本線などの在来線を跨ぐ構造（さらには、モノレール高架をくぐる構造）であったが、在来線の高架化によりその交差部分は逆立体化（高架構造→地上構造化）し、くぐり終わると一気に高架に上がり、姫路駅構内に進入する形に改められた。その為、その部分は従来より西側に迂回する形に変更している。その用地はかつての播但線（飾磨港線）廃線後を流用している。又、駅手前に貨物ホーム跡があったが、前述の逆立体化の影響で撤去されている。

 

発車標設備の乏しい当時の山陽電車の駅としては、ターミナル駅という事もあり、阪神元町駅に見られたような幕式発車標が設置、後にLED表示機などの最新式に更新されていくが、主にコンコース中心で、ホームへの設置は今まで無く、平成24年現在も特急のりばにフルカラーLED表示機が設置されたのみである。平成24年5月の放送設備更新により、同駅専用の発車メロディーが採用されている。